Эта ссылка помогла, у них не было версии 2.4.14, но более новая версия вроде бы помогла запустить другие команды. Однако она всё равно не принимала путь к базе данных и выдавалась та же ошибка. Я использовал опцию --dpath, и теперь ошибки нет, но в одной строке говорится:  
Mon Sep 10 11:59:56.641 [initandlisten] exception in initAndListen: 13627 Unable to create/open lock file: C:\...\Ubiquiti UniFi\data\db\mongod.lock The process cannot access the file because it is being used by another process.. Is a mongod instance already running?, terminating
Это понятно, ведь база данных занята, но в инструкции чётко сказано делать это действие с запущенным контроллером.

Да, как я и намекал, скорее всего это связано с отсутствием всех бинарных файлов, но я так и не нашёл, где их скачать для версий до 3.0.

У нас последний сервер на Server 2012 R2, остальные наши коробки Unifi работают на Ubuntu. Я пытаюсь найти бинарники для версии 2.4.14, но старейшая, которую могу найти — это более старая версия 3.0. Я даже не уверен, какая версия mongodb установлена на этом сервере, так как exe не содержит версии, а команда для её определения выдает следующее:

C:\Users\administrator.SYNCWAVE\Ubiquiti UniFi\bin>mongod.exe --verson  
error command line: unknown option verson

Ошибка при запуске скрипта такая:  
c:\prune>mongod.exe --port 27117 < mongo_prune_js.js

Sat Sep 08 15:08:01.005 [initandlisten] MongoDB starting : pid=8180 port=27117 dbpath=\data\db\ 64-bit host=SW-UNIFI
Sat Sep 08 15:08:01.005 [initandlisten] db version v2.4.14
Sat Sep 08 15:08:01.005 [initandlisten] git version: 05bebf9ab15511a71bfbded684bb226014c0a553
Sat Sep 08 15:08:01.020 [initandlisten] build info: windows sys.getwindowsversion(major=6, minor=1, build=7601, platform=2, service_pack='Service Pack 1') BOOST_LIB_VERSION=1_49
Sat Sep 08 15:08:01.020 [initandlisten] allocator: system
Sat Sep 08 15:08:01.020 [initandlisten] options: { port: 27117 }
Sat Sep 08 15:08:01.036 [initandlisten] exception in initAndListen: 10296

*********************************************************************  
ERROR: dbpath (\data\db\) does not exist.  
Create this directory or give existing directory in --dbpath.  
See http://dochub.mongodb.org/core/startingandstoppingmongo  
*********************************************************************

terminating  
Sat Sep 08 15:08:01.052 dbexit:  
Sat Sep 08 15:08:01.052 [initandlisten] shutdown: going to close listening sockets...
Sat Sep 08 15:08:01.052 [initandlisten] shutdown: going to flush diaglog...
Sat Sep 08 15:08:01.052 [initandlisten] shutdown: going to close sockets...
Sat Sep 08 15:08:01.052 [initandlisten] shutdown: waiting for fs preallocator...
Sat Sep 08 15:08:01.067 [initandlisten] shutdown: lock for final commit...
Sat Sep 08 15:08:01.067 [initandlisten] shutdown: final commit...
Sat Sep 08 15:08:01.067 [initandlisten] shutdown: closing all files...
Sat Sep 08 15:08:01.067 [initandlisten] closeAllFiles() finished
Sat Sep 08 15:08:01.067 dbexit: really exiting now