Я много работал в очень крупных корпоративных средах (читай: свыше полумиллиона рабочих столов и более четверти миллиона физических серверов, на которых размещены миллионы виртуальных инстансов, и более четверти миллиона сотрудников). Сейчас UBNT предлагает выбор: либо использовать экземпляр базы данных, управляемый UniFi-контроллером полностью, либо свой собственный экземпляр БД, который UniFi-контроллер вообще не трогает. Тем, кто не умеет настраивать и управлять MongoDB, лучше выбрать первый вариант. Тем, кто умеет — проблем с вторым не будет. У каждого варианта есть свои плюсы и минусы, и на твоём примере: при первом варианте UniFi запускает и останавливает базу вместе с контроллером. При втором варианте администратор сам должен следить, чтобы БД была всегда запущена, когда это нужно. Для корпоративной среды это должно быть само собой разумеющимся. Если это не так — возможно, первый вариант будет лучше. Учти, что в корпоративных средах MongoDB обычно запускается на отдельной ОС от той, где работает UniFi-контроллер.
Ты хочешь третий вариант, где UniFi контролирует запуск и остановку базы, но при этом полностью оставляет её настройку пользователю? Не уверен, что это сильно полезно при двух уже доступных вариантах. И не представляю, как это могло бы работать, если MongoDB находится на другой ОС — это довольно сложное решение. Если MongoDB запускается локально — на той же ОС, что и UniFi, зачем выходить за рамки полного контроля UniFi? Если нужна настройка — второй вариант отлично справится.
А если те, кто обслуживает систему, не очень заинтересованы в своей работе, им однозначно лучше выбрать первый вариант с полным управлением базы UniFi. Такие люди, исходя из описания, не будут прилагать дополнительные усилия для второго варианта или даже другого варианта, если есть первый.
К слову, современные платформы обычно поддерживают зависимости сервисов. Например, пару строчек в unit-файле systemd на Linux достаточно, чтобы гарантировать запуск локальной MongoDB перед запуском UniFi-контроллера. Это, пожалуй, проще, чем заморачиваться с третьим вариантом в самом UniFi.