Итак, после множества попыток и трудностей у меня есть РЕШЕНИЕ — (Может, сделать это закреплённым? ) Должно работать КАЖДЫЙ РАЗ — немного сложно, но РАБОТАЕТ. (Я делал это на Centos 7, поэтому инструкции для версии 6, но на обеих работает). Оказалось, что при обновлении с 2.X на 3.X есть проблема — с mongod? С unifi? Не знаю, кого винить, но...

Дальше цитата отсюда: http://robert.penz.name/1105/unifi-upgrade-2-4-6-to-3-2-10-exception-remove-needs-a-query-at-srcmongoshellcollection-js/comment-page-1/#comment-80062  
Этот человек нашёл проблему и решение — я выкладываю это здесь и надеюсь, что он не против, если что — с удовольствием удалю.  
Я сделал всё по этой инструкции — и оно работает!!!! Боже! Сколько же времени ушло на поиск информации!  
Так что респект Роберту Пенцу!!!!!!  

____________________________________________________________­____________________________________

Если попробуете обновить систему Ubiquiti Networks Unifi с версии 2.4.6 до 3.2.10, возможно, столкнётесь со следующей проблемой:  
Exception in thread "launcher" org.springframework.beans.factory.BeanCreationException: Error creating bean with name 'class.super': Instantiation of bean failed; nested exception is org.springframework.beans.factory.BeanDefinitionStoreException: … при попытке запустить unifi так:  
/usr/bin/java -jar /opt/UniFi/lib/ace.jar start  

Поиск в интернете показывает, что проблема распространённая, но работающего решения нигде нет. Вот оно:  
Причина проблемы очевидна здесь (http://stackoverflow.com/questions/25104095/remove-needs-a-query-at-src-mongo-shell-collection-js). По сути, синтаксис команды неправильный. Я начал искать в папке lib файл с этой ошибочной строкой. Он находится внутри /opt/UniFi/lib/ace.jar, так что я установил утилиту jar (на Centos 6) командой:  
yum install java-1.7.0-openjdk-devel  
и распаковал все файлы, чтобы найти нужный. Когда нашёл, проще будет сделать так:  
jar xf ace.jar com/ubnt/A/ooOO/OOoO.class  

Теперь понадобится редактор Java-классов — я использовал этот (http://sourceforge.net/projects/classeditor/). Скачайте, распакуйте и запустите:  
java -jar ce.jar  

Дальше ищем и меняем значения:  
- Кликаем на “Constant Pool”  
- Вводим db.cache_device.remove в поиске и находим строку 459  
- Включаем режим изменения и меняем значения  

В итоге должно получиться так (второе — ссылка на первое, просто обновите):  
classeditor  
classeditor2  

Сохраняем файл и обновляем jar:  
jar uf ace.jar com/ubnt/A/ooOO/OOoO.class  

После этого перезапуск и миграция должны пройти успешно. Надеюсь, это поможет другим — у меня ушёл час, чтобы найти решение, так что теперь у вас всё будет быстрее. 😉  

____________________________________________________________­____________________________________

В продолжение скажу, что некоторые команды найти было нелегко — и для работы редактора придётся использовать GUI в Linux, но хуже может быть?  
Ах да, не забудьте убрать за собой:  
cd /pathtounifi/lib/  
rm -r com  

Это удалит распакованные файлы.  
После запуска контроллера Unifi войдите в систему и обязательно сделайте резервную копию конфигурации!!!  

Удачи! И не забудьте порадовать меня лайком, если заработает!

https://help.ubnt.com/hc/en-us Пока сам не пробовал.