Cloud Key полностью заменит ваш контроллер на Windows. Нужно сделать резервную копию (на контроллере Windows) и восстановить её на Cloud Key — но учтите ограниченное пространство для хранения исторических логов. Настройка находится во вкладке Management в UniFi, если вы её ещё не видели. В зависимости от того, как вы настроили точки доступа для поиска контроллера, возможно, придется поменять адрес информирования на контроллере или переназначить IP-адрес машины с Windows, чтобы Cloud Key мог использовать его же. Если вы использовали DNS-обнаружение или DHCP-записи, измените запись unifi на IP Cloud Key.
Пока (пока что?) нет возможности запускать резервный контроллер или горячий запас в любой версии — по крайней мере, такого, который бы переключался автоматически.
Обязательно делайте регулярные резервные копии (например, после любых изменений в конфигурации) и храните их в надежном месте. Если у вас их нет, придётся заходить на каждое устройство UniFi (или посещать по месту) и делать полный сброс настроек, прежде чем можно будет подключить их к новому контроллеру — а это не понадобится, если есть резервная копия для восстановления.